El nuevo presidente ha prometido más libertad para las minorías religiosas.
Algunos líderes religiosos islámicos incitan el odio en contra de los cristianos y otras minorías religiosas a través de sus enseñanzas en las mezquitas, pero también a través de los medios de comunicación. Muchos partidos políticos musulmanes conservadores, como por ejemplo, los PKS son conocidos por impulsar su agenda para hacer una nación islámica. Con frecuencia sus representantes son los que están detrás de los proyectos y políticas inspirados en la Saria, incluso en el campo de la educación.
Sin embargo, grupos islámicos radicales como el FPI son más influyentes. Son capaces de movilizar cientos de miles a las calles (organizadas regularmente en el período de septiembre de 2016 a mayo de 2017). Lo último visto en una gran manifestación fue contra el gobernador cristiano de Yakarta, "Ahok", por presunta blasfemia. Como podemos ver, esa es la razón por la cual el gobierno en sí mismo no es un conductor de persecución a nivel nacional, aunque en agosto de 2017 anunció planes para ajustar la legislación sobre blasfemia en el país. La mayoría de los problemas ocurren a nivel local en las confrontaciones con grupos islámicos radicales.
Muchos de los cristianos con trasfondo musulmán experimentan persecución por parte de sus familias. Sin embargo, la intensidad de la persecución varía y casi siempre es en forma de aislamiento, abuso verbal, etc. Solamente un pequeño porcentaje de los conversos tienen que enfrentar violencia física por su fe cristiana. En Indonesia el nivel de persecución depende de la región que sea. Hay algunos “puntos de conflicto” como Java Occidental o Aceh, donde los grupos radicales islámicos son fuertes y ejercen una gran influencia sobre la sociedad y la política.
Una vez que se considera que una iglesia está haciendo proselitismo, como lo hacen muchas iglesias evangélicas y pentecostales, pronto se enfrentan con problemas con los grupos islámicos radicales. Por lo general, los grupos de iglesias no tradicionales también experimentan dificultades para obtener permiso para construir iglesias. Incluso si logran cumplir con todos los requisitos legales (incluidos los casos judiciales que han ganado), aún las autoridades locales los ignoran. También ha habido informes de iglesias católicas que tienen dificultades para obtener permiso de construcción. En general, la situación de los cristianos se ha deteriorado en el transcurso de los últimos años.
El 13 de noviembre de 2016 un atacante tiró un cóctel molotov en las instalaciones de una iglesia de OiKumene en Samarinda, en Kalimantan este, matando a una niña de dos años e hiriendo a otras tres, todas menores de cuatro años.
En mayo 9 de 2017 el gobernador cristiano de Yakarta fue sentenciado a dos años de prisión, alegando un caso de blasfemia ocurrido en un discurso en septiembre de 2016.
Ha habido muchos informes de diferentes partes del país donde conversos al cristianismo han sido detenidos por sus familiares y les han quitado sus teléfonos móviles. Muchos son aislados por muchas semanas y pueden ser expulsados de su casa familiar una vez que se confirma que su conversión es firme.
Los hijos de cristianos con frecuencia enfrentan aislamiento y abuso verbal. En algunas regiones, las familias musulmanas prohíben a sus hijos jugar con sus amigos cristianos. Son llamados infieles y algunas veces profesores de religión islámica se burlan de ellos y los hacen que se sienten en la última fila de la clase.
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