El nuevo presidente ha prometido más libertad para las minorías religiosas.
Opresión islámica: Aunque la Constitución de Indonesia garantiza la libertad religiosa, varias regiones y territorios de Indonesia están regidos por un gran número de reglamentos islámicos, incluida la ley islámica (sharía) en la provincia de Aceh. Los grupos radicales han ganado cada vez más influencia utilizando interpretaciones religiosas estrictas para justificar la violación de los derechos de las minorías religiosas.
Nacionalismo hindú: En las regiones e islas donde predominan otras religiones (como el hinduismo en Bali), la persecución proviene al abandonar la religión dominante y convertirse a la fe cristiana.
Algunos líderes islámicos instigan el odio contra los cristianos y otras minorías religiosas en sus mezquitas, al igual que ocurre en algunos medios de comunicación y en políticos. Se sabe que la agenda de partidos políticos conservadores como el PKS está encaminada hacia una nación islámica. A menudo son sus representantes quienes están detrás de la aprobación de políticas inspiradas en la ley sharía. Sin embargo, los grupos de presión islámicos radicales como el FPI son más influyentes y son capaces de movilizar a cientos de miles de personas, lo que también podría ocurrir antes de las elecciones presidenciales y parlamentarias de 2019. Sin embargo, la mayoría de los problemas ocurren a nivel local con grupos de presión islámicos radicales.
Muchos conversos del islam sufren persecución por parte de sus familias, que se manifiesta principalmente en forma de aislamiento, abuso verbal, etc. Solo un pequeño porcentaje de conversos sufre violencia física por su fe. El nivel de persecución también depende de la región de Indonesia. En lugares como Java Occidental o Aceh, los grupos islamistas ejercen una gran influencia social y política. Si una iglesia es vista como proselitista, como ocurre con muchas iglesias evangélicas, sufrirá la presión de estos grupos. Asimismo, las comunidades cristianas no tradicionales, y también algunas iglesias católicas, han experimentado muchas dificultades con los permisos para construir iglesias o han sido ignoradas por las autoridades. La situación general de los cristianos en los últimos años ha ido deteriorándose lenta, pero constantemente.