El número real durante ese período probablemente sea mayor, debido a que las minorías religiosas en el país continúan sufriendo discriminación, según indicó el presidente de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (o Komnas HAM), Ahmad Taufan Damanik.

Entre los casos reportados, se encontraba el cierre forzoso de una mezquita ahmadiyah en Depok, una ciudad cercana a la capital Yakarta, en 2017. Los ahmadiyya son considerados como herejes por los musulmanes ortodoxos, motivo por el cual enfrentan restricciones y ataques en Indonesia y otros países de mayoría musulmana. Su mezquita en Depok fue cerrada después de las quejas de la comunidad circundante.

Las iglesias también han sido objeto de ataques. En julio de 2019, el jefe de distrito de Bantul, provincia de Yogyakarta, revocó un permiso otorgado a la Iglesia Pentecostal en Indonesia tras las protestas de los musulmanes locales.

Unas semanas antes, los musulmanes radicales tomaron las calles en Yakarta occidental, solicitando que el alcalde revoque el permiso de la Iglesia Protestante Familia de Dios en el área.

Ahmad Taufan instó al gobierno a revisar el reglamento de 2006 que regula la armonía religiosa y la construcción de lugares de culto que, según dijo, era en parte culpable de la discriminación que enfrentan las minorías religiosas.

En septiembre, una iglesia protestante de la provincia occidental de Aceh, en Indonesia, pidió ayuda a Komnas HAM para poner fin a la discriminación que aseguran sufrir. El edificio de su iglesia había sido quemado por islamistas de línea extrema en 2015 y mientras esperaban que el caso se resolviera en tribunales, ellos mismos recolectaron dinero y comenzaron a construir una casa para los pastores que servían a la iglesia.

Sin embargo, las autoridades les han ordenado que detengan la construcción, ya que no han cumplido los requisitos para la construcción de una casa de culto.